根据规划，舟山港综合保税区按“一区两片”模式，设置本岛分区和衢山分区。本岛分区位于舟山本岛北部的舟山经济开发区新港工业园区，衢山分区位于衢山鼠浪湖岛。规划总面积5.85平方公里。
“一区两片”：符合舟山地域的群岛特点
舟山港综保区按照“一区两片”的全新模式来设置，主要有三个方面的考虑，一个是国务院批复的《浙江海洋经济发展示范区规划》要求，一个是符合舟山地域的群岛特点，还有一个是与各类大宗商品在综保区中的作业特点相适应。
在《浙江海洋经济发展示范区规划》中明确指出，舟山要建“大宗商品国际物流基地”、“现代海洋产业基地”、“海洋科教基地”，并根据舟山实际情况提出“重点发展海洋工程、特种船舶和船舶配套产品制造”，“打造全国重要的铁矿砂中转贸易、煤炭中转加工配送、油品中转贸易储存、粮食中转加工配送、化工品中转储运加工、集装箱中转运输六大基地……增强大宗商品储运能力。”
舟山港综保区的建设，是实施国家战略极其重要的一环，故在建设模式中应对保税加工、保税物流、国际转口贸易、大宗商品和其他产业提出与之相对应的整体建设布局。
其次，舟山港口岸线资源丰富，港口岸线在岛屿发展中也发挥不同的功能。况且，舟山港综保区主要特色货种，为大宗商品和为临港产业配套的产品，其主要为矿、煤和油品(液体化工品)，各货种间可以相对对立，可将以上大宗商品纳入到适宜布局且深水条件好的特定区域，如衢山鼠浪湖岛进行作业。“基于以上情况，结合舟山特点，我们提出了‘一区两片’模式。”舟山港综保区管委会(筹)副主任李方军说，就是在建设一个综保区的前提下，考虑规划建两个综保区分区，以适应《浙江海洋经济发展示范区规划》对舟山现代海洋产业基地、大宗商品国际物流岛的建设要求。
本岛分区：以先进制造业和仓储物流业为重点
根据规划，本岛分区位于舟山本岛北部，周边20公里范围内集聚了众多的海洋制造加工企业、研发中心和船配等企业，为本岛分区发展海洋装备制造业、大宗商品区域性定价中心及相关服务业奠定了扎实基础。
本岛分区规划陆域面积为2.83平方公里，同时规划设置商务配套区面积0.18平方公里。主要功能定位为以海洋装备制造业、海洋生物产业、电子信息产业等先进制造业和仓储物流为重点，并探索建立区域性大宗商品定价中心，发展航运服务业和保险金融业、咨询研发、商品会展及租赁等相关服务业。
在综保区北部，规划建设2个5万吨级泊位，2个3万吨级泊位(其中1个预留)，作为综保区的配套码头设施，配套岸线长度1218米。
衢山分区：重点发展大宗商品仓储配送业务
衢山分区位于衢山鼠浪湖岛，地理位置优越，西北距上海芦潮港约32.2海里，南距宁波北仑港40.3海里，距日本港口约600-800海里，距韩国港口仅300-400海里，距新加坡约2000海里，是水水中转的最佳区域。鼠浪湖岛水深岸线条件优越，目前已通过核准建设41万吨和15万吨级大型散货泊位，为开展铁矿石、煤炭、油品等液体散货的保税业务提供有利条件。
根据规划，衢山分区规划陆域面积3.02平方公里，将重点发展煤炭、矿石、油品等大宗商品的仓储、配送业务，建成我国重要的大宗商品仓储、中转基地。
规划码头主要为各类散货码头。其中，干散货泊位将设置41万吨、20万吨、15万吨、10万吨泊位各1座，5万吨泊位3座。液体散货泊位将设置10万吨泊位2座，5万吨泊位1座。总占用岸线长度3375米。
两个分区：将分期实施规划
按统筹规划、整体申报和分期建设的原则，在具体实施过程中，舟山港综保区将分二期建设。
其中，本岛分区作为一期工程建设，封关围网面积2.83平方公里，商务配套区面积0.18平方公里。一期工程包含码头作业区、保税物流区、保税加工区、综合配套服务区、部分配套功能用地及区间道路。
衢山分区因属无人岛屿，土地围海而成，大泊位码头所需工期较长，故作为二期工程建设，建设面积为3.02平方公里。
